عالم افتراضي يدعى (ماتريكس) صنع من أجل تهجين الإنسان واخضاعه حتى يمكن استخدامه كمولدات طاقة ويتم ذلك عن طريق غرس أجهزة باجسامهم، في الوقت ذاته يحاول مبرمج الكمبيوتر توماس أندرسون الذي يعمل تحت اسم مستعار (نيو) كقرصان حواسيب….
تدور أحداث الفيلم عن مبرمج حاسوب يدعى توماس أندرسون “Thomas A. Anderson”، الذي يعيش بعد عمله حياة سرية أخرى قرصان (هكر) برامج وشبكة أنترنيت تحت الاسم المستعار «نيو: Neo»، وهو في بحث مستمر عن السؤال المحير وهو:«ماهي المصفوفة: What is the Matrix» ويقوده هذا السؤال إلى مجموعة من الأشخاص على رأسهم الغامض «مورفيوس،Morpheus» والذي يعرض عليه الطريقة للكشف عن جواب لسؤاله المحير عن حقيقة المصفوفة (ماتريكس).
بعد أن ينضم نيو إلى المجموعة عبر أخذه لحبة حمراء اللون تقوم بعزل إشاراته الإلكترونية من جهاز حاسوب ضخم تسيطر عليه الآلات، ويتحرر نيو فجأة من عالمه الذي يعيشه كمبرمج حاسوب ويدخل لعالم غريب وهو حقول لزرع البشر ليتم نقله إلى متن سفينة هي «نبوخذ نصر،Nebuchadnezzar».
يكتشف نيو أنه يعيش في العام 2199 م تقريباً، حيث أن هناك حرب بدأت بين الآلات من جهة وبين الجنس البشري من جهة أخرى، وكانت الآلات تعتمد على الطاقة الشمسية كمصدر للطاقة، ولحجب تلك الطاقة قام البشر بحرق الأرض لحجب السماء لأجل منع وصول أشعة الشمس وذلك في محاولة للقضاء على المصدر الوحيد للطاقة عند الآلات.
فقامت الآلات على أثر ذلك ببناء حاسوب ضخم جداً وربطت الأجنة البشرية الموجودة بالحقول بهذا الحاسوب للاستفادة من الجنس البشري كمصدر بديل للطاقة، وعاشت الأجنة البشرية وكبرت، وهي مسبوتة ضمن حاضنات خاصة وتم السيطرة عليها عبر ربط برنامج تفاعلي للبشر يرسم الخطوط العريضة للحياة كما هي الآن مع إمكانية تعديل العقول الموجودة في الحاضنات لهذا البرنامج التفاعلي. وهذا العالم هو المصفوفة أو الماتريكس.
وهناك مجموعة من البشر لم يتم ربطهم هم الأحرار ويعيشون في مدينة تحت الأرض هي «زيون (صهيون)،Zion»، وهي آخر مدينة تجمع البشر تحت الأرض كملاذ دافئ عن الأرض الباردة نتيجة حجب آشعة الشمس عنها.
يدخل الأحرار إلى داخل الماتريكس عبر الربط بأداة تُدخل عبر الرأس، وعند الدخول يجب الحيطة من برامج قاتلة هم العملاء “Agents” وأخطرهم هو العميل «سميث،Agent Smith» والذين لا يمكن مواجهتهم لأن كل من واجههم كان مصيره الموت.
في المصفوفة هناك شخصية هامة تقوم بالتنبؤ بالمستقبل هي «الأوراكل أو العرافة،Oracle»، والتي تتنبأ لمورفيوس بأن هناك شخص سيقوم بتحرير البشر من عبودية الآلات هذه هو «المختار،The One» وهو نيو.
يقوم شخص عميل كره حياته على سفينة نبوخذ نصر هو «سايفر،Cypher» بالاتفاق مع العملاء على تسليمهم مورفيوس الذي يعرف شيفرة مدينة زيون السرية.
ويتم ذلك، وهنا يقوم نيو بمساعدة من صديقته «ترينتي،The Trinity» بإنقاذ مورفيوس من قبضة سميث، وهنا تبدأ المواجهة بين نيو المختار وبين الآلات بقيادة سميث.
يكتشف نيو في نهاية المواجهة وبعد تعرضه لإطلاق نار من قبل العميل سميث بأنه يملك قدرات لفهم آلية عمل المصفوفة والتعامل معها بشكل لم يسبق لغيره، بحيث يقوم بإيقاف الطلقات الرصاصية والطيران مثل سوبرمان. وأنه هو المختار “The One”.